Badan Penanggulangan Bencana Daerah Kota Malang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 11 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Penggulangan Bencana Daerah yang disusul dengan Peraturan Walikota Malang Nomor 44 Tahun 2014 tentang Uraian Tugas Pokok, Fungsi dan Tata Kerja Badan Penggulangan Bencana Daerah.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Malang Nomor 11 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Penanggulangan Bencana Daerah, BPBD Kota Malang diklasifikasikan dalam instansi tipe A dan memiliki struktur organisasi yang terdiri dari Kepala BPBD yang secara ex-officio dijabat oleh Sekretaris Daerah Kota Malang, Unsur Pengarah dan Unsur Pelaksana. Unsur pelaksana terdiri dari Kepala Pelaksana, Sekretariat, Bidang Pencegahan dan Kesiapsiagaan, Bidang Kedaruratan dan Logistik, Bidang Rehabilitasi dan Rekonstruksi dan Kelompok Jabatan Fungsional.
Pada akhir tahun 2021 sejalan dengan kebijakan Presiden untuk penyederhanaan birokrasi maka jabatan-jabatan struktural Eselon IV di BPBD telah disetarakan kedalam Jabatan Fungsional tertentu setingkat Ahli Muda (Kecuali Kepala Subbagian Umum).
